Theodoros al II-lea s-a născut (Nikolaos Choreftakis) în Creta, pe 25 noiembrie 1954. Între 1975 şi 1985 a slujit ca arhidiacon şi cancelar al Mitropoliei de Lambis şi Sfakion - Creta; din 1985 până în 1990, a fost exarh patriarhal în Rusia, la Odesa, în timpul patriarhilor Nicolae al VI-lea şi Partenie.
În 1990, a fost hirotonisit episcop de Kyrene şi a fost numit reprezentant al patriarhului Partenie din Atena, până în 1997, când a fost numit vicar patriarhal al Alexandriei. În 2002, a fost transferat la Mitropolia din Zimbabwe, unde a înfiinţat patru centre misionare. A fondat biserici şi a contribuit la constituirea comunităţilor ortodoxe din Botswana şi Angola. Pe 9 octombrie 2004, Theodoros al II-lea a fost ales de Sfântul Sinod al Patriarhului de Alexandria, papă şi patriarh al Alexandrei şi al întregii Africi, cel de-al doilea rang în ierarhia ortodoxă, după patriarhul ecumenic de la Constantinopol.
Patriarhul Theodoros al II-lea a fost înscăunat la 24 octombrie 2004, în cadrul unei ceremonii desfăşurate în oraşul egiptean Alexandria, sediul patriarhatului ortodox. La ceremonie, desfăşurată în prezenţa a 2.000 de credincioşi, au luat parte înalţi prelaţi ortodocşi, reprezentanţi ai Vaticanului, precum şi preşedintele Greciei.
La eveniment au participat în calitate de delegaţi ai Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române mitropolitul Iosif al Mitropoliei Ortodoxe Române pentru Europa Centrală şi Meridională, episcopul vicar patriarhal Vincenţiu Ploieşteanu - în prezent episcop al Sloboziei şi Călăraşilor - şi arhimandritul Ieronim Creţu, Superiorul Aşezămintelor Româneşti din Ţara Sfântă - în prezent episcop vicar.
