Împărăteasa Masako s-a născut pe 9 decembrie 1963, la Tokyo. La vârsta de 2 ani, s-a mutat cu familia la Moscova. La 5 ani au ajuns la New York, iar în 1971 s-au întors în Japonia.
A studiat la şcoala romano-catolică pentru fete, unde a învăţat să cânte pian şi a făcut parte din echipa de softball, pe care a condus-o la campionatele districtuale. De asemenea, a studiat franceză şi germană, după ce învăţase deja engleză şi rusă.
Familia sa s-a mutat la Boston în 1979, tatăl ei fiind la acea vreme profesor invitat la Centrul pentru Afaceri Internaţionale de drept internaţional al Universităţii Harvard. În 1981, a absolvit Liceul "Belmont". Tot în această perioadă, a făcut voluntariat la Consulatul japonez din Boston. A obţinut, Magna cum Laude, o diplomă de licenţă în economie la Harvard University (1985).
S-a întors apoi în Japonia, pentru a studia Dreptul la Universitatea din Tokyo, în pregătirea examenului de admitere la Ministerul japonez al Afacerilor Externe. Având succes ca diplomat, a fost selectată de Ministerul Afacerilor Externe să studieze doi ani în străinătate (la Oxford), dar nu şi-a terminat teza. În 1990, după doi ani, s-a întors în Japonia, unde l-a întâlnit pe prinţul moştenitor Naruhito, în octombrie 1986.
Logodna lor a fost anunţată la 19 ianuarie 1993 de către Consiliul Casei Imperiale, iar ceremonia oficială de logodnă a avut loc la 12 aprilie 1993. De asemenea, tradiţionala ceremonie de nuntă a avut loc pe 9 iunie 1993, cu o acoperire mediatică intensă.
În 2001, s-a născut singurul copil al lui Naruhito şi al lui Masako - Aiko, prinţesă Toshi. Deoarece legea japoneză nu permite femeilor să acceadă la tron, Aiko nu-i poate succeda tatălui ei. Acest lucru a provocat presiuni asupra prinţesei moştenitoare Masako. După naşterea prinţesei Aiko, prinţesa moştenitoare Masako, din motive de sănătate, a rămas în afara spaţiului public. Avea să revină însă în atenţia publică mai târziu, odată cu vizitele de la cutremurul şi tsunamiul din martie 2011.
Masako a devenit Împărăteasa Masako la 1 mai 2019, când soţul ei, Naruhito, a urcat pe tron. Fratele mai mic al lui Naruhito, Fumihito, prinţul Akishino, şi-a asumat rolul de moştenitor.
În calitate de împărăteasă, Masako a fost comparată cu prinţesa Diana din Marea Britanie, existând aşteptarea ca aceasta să se implice mai mult în sfera publică.
