În jurul anului 1900, orașul New York era cel de-al doilea oraș al lumii, cu peste 3 milioane de locuitori, înghesuiți în Manhattan, Staten Island și Queens. Să te deplasezi dintr-o parte a orașului în alta era aproape imposibil, pentru că dura ore întregi pentru a ajunge din Wall Street în Harlem.
Orașul a continuat însă să se dezvolte, deoarece transportul public a făcut posibil să se locuiască într-o zonă, să se muncească în alta și să se ajungă oriunde destul de ușor. Pe măsură ce noi linii de metrou erau planificate, s-au construit noi şi noi case și magazine în jurul staţiilor. Astfel, destul de repede, populația New Yorkului s-a împrăștiat și dincolo de Manhattan.
În martie 1900, au început lucrările pentru instalarea unui metrou electric. 12.000 de oameni au muncit la construcţie, realizată de compania privată Interborough Rapid Transit Company. În loc să sfredelească un tunel, au fost săpate tranșee, au fost montate șinele și au fost construite stațiile, lucrarea finită fiind îngrădită cu grinzi de oțel, iar un înveliș de umplutură și pavaj a fost așezat peste tranșee.
În momentul deschiderii metroului, pe 27 octombrie 1904, 150.000 de oameni au plătit 5 cenți pentru a călători cu acesta. Locuitorii metropolei americane au îmbrățișat imediat acest mod curat de a călători.
Aproape imediat, compania Brooklyn Rapid Transit a început construirea unei noi legături, între Brooklyn și Manhattan, care a fost finalizată în 1915, iar o altă construcție a început în 1925. În 1940, orașul avea trei magistrale de metrou administrate separat, fiecare aparținând unei alte companii de transport, formând astfel cel mai mare sistem de metrou din lume. În 1940, se efectuau mai mult de 8 milioane de călătorii pe zi.
Primele stații ale metroului au fost desenate artistic. Specifice erau chioșcurile de la intrare, bordurile elegante și plăcile speciale pe care erau scrise numele sau cartierul în care se afla stația. În prezent, această tradiție se menţine, fiind încurajată instalarea unor lucrări de artă, care creează legături unice între istoria arhitecturală și designul stațiilor și cartierele pe care le traversează.
Recesiunea a adus falimentul companiilor private de metrou. În momentul deschiderii primei linii, prețul unei călătorii era de 5 cenți, dar acesta nu mai era de ajuns pentru întreținerea vagoanelor, stațiilor, echipamentului și infrastructurii învechite. După cel de-Al Doilea Război Mondial, creșterea costului de călătorie a determinat metroul să intre în declin pentru o perioadă de trei decenii și jumătate, de la sfârșitul anilor 1940 până la începutul anilor 1980. În anul 1948, prețul unei călătorii era de 10 cenți, iar în 1953 ajunsese la 15 cenți.
În 1968, a fost creat un nou organism, Autoritatea Metropolitană de Transport, care a început un program de reabilitare a metroului, fiind investiți peste 39 miliarde de dolari. În anul 1990, rețeaua de metrou din New York era reparată cu multe îmbunătățiri.
